Kazuma Kiryu es un antiguo miembro de la mafia japonesa. Ha dejado el negocio de los trapicheos para dedicarse al cuidado de niños huérfanos en su orfanato. Todo suena muy idílico, más aún si tenemos en cuenta que parte de la narración se desarrolla en la paradisiaca isla de Okinawa. Pero el entorno bucólico esconde las oscuras intenciones de políticos y mafiosos por igual. Así las cosas, Kazuma—protagonista de Yakuza 3—, no tarda en verse envuelto en un nuevo torbellino de violencia; los viejos hábitos otra vez.